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[发明专利]诊断模型的自动优化方法及自动优化系统-CN202210690076.6在审
发明人：赖奇易;陈承辉;王孝裕;洪怀哲 -专利权人：财团法人资讯工业策进会
申请日： 2022-06-17 - 公布日： 2023-03-10 - 主分类号： G06Q10/04 文献下载
摘要：本发明提供诊断模型的自动优化方法及自动优化系统。自动优化方法包括：取得设备参数；选定目标模型；选择超参数并转换为基因序列，随机生成多个待优化基因序列并加入基因序列集；执行基因演化流程，以产生多个子代基因序列；对该多个子代基因序列执行区域搜寻流程以产生多个新子代基因序列并加入基因序列集满足演化完成条件时，将基因序列集作为最优基因序列集以配置目标模型并生成多个候选诊断模型。本发明所提供的诊断模型的自动优化系统及自动优化方法采用基因演化流程并搭配区域搜寻机制，可以自动化训练人工智能模型，不需花费大量人力及成本来针对所有超参数的所有可能组合进行测试及验证，在资源有限的情况下取得最优超参数组合
诊断模型自动优化方法系统

[发明专利]一种自动删除选择标记的转基因方法-CN202110499325.9在审
发明人：张越;李杨;李阳 -专利权人：武汉伯远生物科技有限公司
申请日： 2021-05-08 - 公布日： 2021-07-27 - 主分类号： C12N15/82 文献下载
摘要：本发明属于分子生物学技术领域，具体公开了一种自动删除选择标记的转基因方法。构建包含选择标记的自动删除选择标记的转基因载体，转化至植物中获得愈伤组织；所述选择标记基因可以正常表达，加入细胞分裂素后，诱导选择标记基因自动删除；所述自动删除选择标记的转基因载体的DNA序列按照“载体骨架本发明的转基因载体包含Cre/loxP重组系统，且选择标记、Arr5启动子基因和Cre基因位于两个loxP位点之间，Arr5启动子可启动Cre重组酶表达，进而诱导loxP重组反应以将两个loxP位点间的DNA序列删除，由此实现选择标记基因的删除，为转基因植物的安全性提供一条可能的技术途径。
一种自动删除选择标记转基因方法

[发明专利]采用演化算法进行基因芯片图像基因点自动定位方法-CN201110198107.8有效
发明人：史玉回 -专利权人：西交利物浦大学
申请日： 2011-07-15 - 公布日： 2011-11-23 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种采用演化算法进行基因芯片图像基因点自动定位方法，其特征在于所述方法包括以下步骤：（1）获取基因芯片图像，然后在基因芯片图像中确定基因区网格定位时对整幅图像进行旋转操作的旋转点，采用演化算法找到旋转角度后，先对基因芯片图像进行旋转校正，然后通过图像投影法对基因芯片图像进行基因区网格定位；（2）基因芯片图像基因区网格定位后提取所有基因区，依次采用演化算法进行基因芯片图像的基因区内基因点网格定位并输出。该方法解决了对基因芯片图像基因点进行自动定位的难题。
采用演化算法进行基因芯片图像基因自动定位方法

[发明专利]用于全基因组关联分析的基因自动选择方法-CN202211631266.7有效
发明人：刘志岩;郑青松;郭方 -专利权人：哈尔滨星云医学检验所有限公司
申请日： 2022-12-15 - 公布日： 2023-06-09 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明提供了用于全基因组关联分析的基因自动选择方法，对所有样品进行测序得到基因芯片数据，得到基因表达矩阵；对基因表达矩阵中的基因表达值进行分类，得到分类后的基因聚类集；对得到的基因聚类集进行差异性分析，筛选出差异概率P≤0.05的基因表达值，形成第一差异表达基因聚类集合集；对得到的第一差异表达基因聚类集合进行倍数分析，识别差异基因表达值，筛选出第二差异表达基因聚类集合；取两个差异表达基因聚类集合的交集，形成关键基因聚类集；选取关键基因聚类集与基因聚类集的均值距离最近的基因作为自动选择出的目标基因。本发明精简了差异性基因聚类集，降低了关键基因重复率，提高了关键基因的准确率。
用于基因组关联分析基因自动选择方法

[发明专利]一种基于深度学习技术从基因角度预测肝癌风险的方法-CN201810592078.5在审
发明人：刘玉良;张全 -专利权人：天津科技大学
申请日： 2018-06-11 - 公布日： 2018-11-02 - 主分类号： G06F19/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于深度学习技术从基因角度预测肝癌风险的方法。本发明利用深度学习技术，联合所有基因表达量数据，实现了自动筛选差异表达基因，自动判断肝癌类型的功能，克服了传统方法不能整合全部基因表达数据，而忽略基因联合表达作用的不足；解决了传统方法运用固定算法，难以把握基因表达的微小差异的缺陷，对肝癌的基因治疗的发展具有积极意义。
肝癌差异表达基因基因表达数据基因表达量固定算法基因表达基因联合基因治疗积极意义自动判断自动筛选基因预测整合学习联合

[发明专利]自动生成基因检测报告的方法及装置、电子设备-CN201811496923.5有效
发明人：侯晓帆;胡菲菲;蔡文君;李明壮 -专利权人：荣联科技集团股份有限公司
申请日： 2018-12-07 - 公布日： 2021-06-22 - 主分类号： G16H15/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种自动生成基因检测报告的方法及装置、电子设备，包括：获取受检者的遗传信息和样本信息，所述样本信息包括变异注释文件，所述变异注释文件包括基因注释信息；选取基因检测报告模板；设置筛选过滤条件；根据所述筛选过滤条件，查询生物医学数据库，获取注释查询结果，查询变异注释文件，获取变异注释结果；根据注释查询结果和变异注释结果，按照所选基因检测报告模板自动生成基因检测报告。本发明能够自动生成癌症基因检测报告，科学准确。
自动生成基因检测报告方法装置电子设备

[发明专利]基因扩增及基因检测一体化系统-CN201210230584.2有效
发明人：李响 -专利权人：李响
申请日： 2012-07-05 - 公布日： 2013-10-16 - 主分类号： C12M1/36 文献下载
摘要：所属的技术领域：生物仪器本发明公开了一种基因扩增及基因检测一体化系统，包括一个基因扩增仪和一个快速电泳仪。该基因扩增及基因检测一体化系统通过一个一体化的耗材结构连接，并通过一个简单的阀门结构实现自动化反应。该体系避免了通过大型的机械手装置来实现基因扩增与基因检测反应的自动化，仅通过一个简单的耗材就实现了反应的一体化和自动化。该体系的仪器部分无须添加特殊功能，因此可以通过功能的简单化实现其小型化。综上所述，本发明可实现基因扩增检测一体化体系的一体化、自动化小型化。
基因扩增检测一体化系统

[发明专利]基于病人临床症状数据和全外显子组测序数据筛选单基因遗传病致病基因的分析检测系统-CN201711189668.5有效
发明人：田卫东;张丰;黎籽秀 -专利权人：上海暖闻信息科技有限公司
申请日： 2017-11-24 - 公布日： 2023-07-28 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于病人临床表型信息和全外显子组测序数据的整合来自动筛选单基因病遗传病致病基因的自动化分析系统。本发明系统包含四个自动化分析模块：(1)病人临床报告到标准化表型术语(HPO，人类表型本体)的自动转换；(2)基于病人标准化表型筛选疾病致病基因的自动化分析系统；(3)基于病人全外显子组测序数据筛选疾病致病基因的自动化分析系统本发明采用概率模型来计算在给定病人的某个标准表型的情况下其患某个单基因遗传病的概率，并利用计算机统计检验的办法来系统性评估在给定病人的所有标准表型后其可能患某个单基因遗传病的显著程度，从而实现基于临床标准表型筛选候选致病基因的目的
基于病人临床症状数据全外显子组测序数筛选基因遗传病致病分析检测系统

[发明专利]一种自动分离基因编辑中T-DNA标签的转基因方法-CN201810783830.4在审
发明人：李阳;易良华 -专利权人：武汉伯远生物科技有限公司
申请日： 2018-07-17 - 公布日： 2018-11-16 - 主分类号： C12N15/82 文献下载
摘要：本发明涉及针对转基因农作物育种过程中的自动分离基因编辑中T‑DNA标签的转基因方法，该方法通过在T‑DNA中放入一个能造成种子发育干扰的表达元件，只要有T‑DNA标签的T1代种子就会发育异常，通过T1代种子形态自动分离基因编辑中本发明的作物转基因是通过将一种转基因重组载体和目的基因靶点再重组，再重组后的载体转入目的农作物来实现的。该转基因重组载体中原始载体为具有筛选标签基因的Cas9载体、cpf1载体、talen载体或ZNF载体，重组载体携带有能转录产生干扰片段的表达元件，所述干扰片段能干扰抑制农作物种子发育。本发明的自动分离基因编辑中T‑DNA标签的转基因方法避免了大规模的分子检测，降低分子育种成本。
转基因自动分离重组载体基因转基因农作物发育农作物种子标签基因发育异常分子检测分子育种干扰抑制目的基因育种过程原始载体种子形态转录靶点农作物标签筛选转入携带

[发明专利]基因测序仪清洗方法和系统-CN201611038814.X在审
发明人：盛司潼;费荣毅 -专利权人：广州康昕瑞基因健康科技有限公司
申请日： 2016-11-11 - 公布日： 2018-05-25 - 主分类号： B08B9/027 文献下载
摘要：本发明涉及一种基因测序仪清洗方法，其包括根据多个基因测序任务的先后顺序建立监控队列；在前一个基因测序任务结束时，判断后一个基因测序任务和前一个基因测序任务的间隔时间是否超出阈值；以及如果所述间隔时间超出阈值则显示一供用户选择是否执行自动清洗功能的自动清洗启动界面，否则等待后一个基因测序任务启动。本发明还包括一种基因测序仪清洗系统，本发明的基因测序仪清洗方法和系统可以解决现有技术液路系统容易忘记清洗的问题。
基因测序仪基因测序清洗自动清洗功能多个基因监控队列清洗系统任务结束任务启动顺序建立液路系统自动清洗测序

[发明专利]一种自动生成用于指导精准用药的基因检测报告的方法-CN201910304408.0在审
发明人：李琦;马浩程;刘维;贾彩蝶;袁鹏 -专利权人：北京中佰耀因医药科技有限公司
申请日： 2019-04-16 - 公布日： 2019-07-19 - 主分类号： G16H15/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种自动生成用于指导精准用药的基因检测报告的方法，所述方法包括使用一种用于指导精准用药的基因检测智能报告系统。所述包括如下步骤：第一步、上传实验结果文件；第二步、系统中自动匹配和判定，若系统判定为“可读”，即结果“合格”，则进入下一步；第三步、系统自动生成待审核的基因检测报告，即待审报告；第四步、用户人工审核所述“待审报告”，生成最终用于指导精准用药的基因检测报告。本发明提供了一种全自动生成用于指导精准用药的基因检测报告的方法，所述方法中仅在审核报告时由人工审核确定，能快速智能、准确地给出用于指导精准用药的基因检测报告。
基因检测报告自动生成审核判定智能报告系统全自动生成基因检测人工审核用户人工自动匹配可读上传智能

[发明专利]一种自动化构建高精度基因组尺度代谢网络模型的方法-CN201910934928.X有效
发明人：王敏;夏梦雷;郑宇;薛丹妮;成杨;李彩霞;彭明梦 -专利权人：天津科技大学
申请日： 2019-09-29 - 公布日： 2023-07-18 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本发明属于系统生物学领域，具体涉及一种自动化构建高精度基因组尺度代谢网络模型的方法。本专利基于目标微生物基因组信息，运用KEGG提供的API，实现“基因‑酶‑反应‑化合物”数据库的自动化构建，并通过转录组学和蛋白组数据数据库对反应矩阵进行自动精炼和校准，从而快速的构建出精准的基因组尺度代谢网络模型通过本专利所提供的模型对实验进行模拟，可以有效地减少工作量并为湿实验提供参考依据，为关键基因的模拟筛选、外源基因与底盘生物的适配性评估、关键代谢路径的挖掘、最小基因组的以及微生物响应外界刺激的应激机制的研究提供帮助
一种自动化构建高精度基因组尺度代谢网络模型方法

[发明专利]真菌基因组测序数据自动分析方法及系统-CN202110271328.7在审
发明人：刘健;孙嘉良;陈娇 -专利权人：南开大学
申请日： 2021-03-12 - 公布日： 2021-06-25 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本公开提供了一种真菌基因组测序数据自动分析方法及系统，包括：获取真菌基因组测序数据，判断测序数据类型；根据测序数据的类型分别进行相应预处理；将预处理后的测序数据进行组装，得到组装后的contigs；基于基因组序列对比对contigs的相似参考基因组进行初步筛选，获得候选参考基因组；利用MinHash数据结构从候选参考基因组中估算所述contigs的相似参考基因组，实现真菌基因组鉴定；并利用获得的相似参考基因组对所述contigs进行下游分析；实现真菌基因组测序数据的自动分析；所述方案基于序列比对和MinHash数据结构对真菌全基因组进行鉴定，可以在实现对真菌种类进行鉴定的同时，找到与真菌同源性最高的参考基因组，从而便于下游分析
真菌基因组序数自动分析方法系统

[发明专利]一种基于JSON的基因本体映射系统及方法-CN202011090831.4有效
发明人：刘健;陈娇;陈萍 -专利权人：南开大学
申请日： 2020-10-13 - 公布日： 2022-05-03 - 主分类号： H04L67/02 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于JSON的基因本体映射系统及方法，包括基因本体的自动识别与数据抽取，从基因本体到JSON的映射机制及基于JSON的基因本体数据存储。具体步骤为：识别基因本体中的元数据信息，获取基因本体元数据中的细胞组分（cellular component）、分子功能（molecular function）、生物过程（biological process）三个类别以及父子关系（is_a）、部分关系（part_of）和调控关系（regulates）三种关系特征；建立基因本体元数据特征与JSON模型的一一对应映射规则，采用半监督学习方法完成元数据抽取；构建基于JSON的基因本体存储模型，完成从基因本体到JSON的数据迁移。本发明建立了基因本体与JSON的映射模型，解决了基因本体数据无法自动转换成JSON数据的难题，实现了基因本体在异构Web平台间的高效数据交互与充分共享。
一种基于 json 基因本体映射系统方法

[发明专利]一种基因注释语义相似度的计算方法-CN200810040050.7无效
发明人：吴飞珍;马文丽;王妹;陈启龙;郑文岭;姚文娟;施国明 -专利权人：上海大学
申请日： 2008-07-01 - 公布日： 2009-02-04 - 主分类号： G06F19/00 文献下载
摘要：本发明提供了一种基因注释语义相似度的计算方法。这种方法通过基因本体协会提供的基因本体关联文件，将基因与基因本体结点建立关联。然后先计算基因本体结点的语义相似度，最后根据基因本体结点语义相似度计算基因注释语义相似度。本发明的有益效果在于：可以自动地、大批量地计算基因注释语义相似度。
一种基因注释语义相似计算方法

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